Вуз основан в 1943 году как Пятигорский фармацевтический институт (Постановление Совета Народных Комиссаров СССР от 27.03.1943 № 5597р). Таким образом, дата создания вуза - 27 марта 1943 года.
В 1994 году Пятигорский фармацевтический институт переименован в Пятигорскую государственную фармацевтическую академию (Приказ Госкомвуза России от 15.05.1994 № 585, Приказ Минздравмедпрома России от 23.05.1994 № 127). Согласно Приказу Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации № 434 от 28 апреля 2012 года проведена реорганизация государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации и государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Пятигорская государственная фармацевтическая академия» Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации в форме присоединения второго учреждения к первому с последующим образованием на основе присоединённого учреждения обособленного подразделения (филиала).
